アポトーシスの多くの特徴が壊死性プロセスと重なっていることがアポトーシス検出を妨げる主な問題です。従って、決定的な結論を出すためには幾つかの独立したアッセイを行う必要があります。現在使用されているアッセイ系はそれぞれの利点と不利点があり、その応用範囲が限られています。また、アポトーシスは非常に短時間（２-３時間）に生じ処理され、その後にネクローシスによる細胞死を起こすため、実験系に合うアポトーシス検出方法を選ぶためには検出モデルのアポトーシス動態を知らなければなりません。
TUNEL (TdT-Mediated dUTP Nick-End Labeling) 検出キット:DNA断片化はアポトーシスの特徴的変化の一つであり、通常カスパーゼが活性化した後のアポトーシスの後期に発生します。アポトーシスを起こした細胞の断片化されたDNAの3'-OH末端は、TdT（Terminal deoxynucleotidyl Transferase）を用いてビオチンあるいは FITC-dUTPsで標識することができます。標識されたDNAを持つ細胞は光学顕微鏡で観察、あるいはフローサイトメトリーで定量することができます。TUNEL方法は感度がよく速いですが、ネクローシス及びDNA修復、分裂中の細胞による偽陽性の影響を受けやすいです。信頼性ある結果を得るためには、他のアッセイ、例えばAnnexin V検出法などと合わせて TUNELアッセイを行う必要があります。固定剤によりタンパク質の架橋が起きますので、パラフィン包埋した組織でのTUNEL-染色はさらに難しいことです。GenScript社では、パラフィン包埋あるいは凍結組織切片と吸着細胞でのアポトーシスを検出するために考案された、ビオチンあるいはFITC標識したヌクレオチドを用いた一連のTUNELアポトーシス検出キットを提供しています。.
Annexin V-EGFP キット: アポトーシスを起こした細胞は細胞膜にphosphatidylserine (PS)分子を提示し、炎症反応を起こさずにアポトーシスによる細胞破片を除去できるようにします。PS分子の露出時期はアポトーシス誘導試薬によって異なります。PS分子は、Ca依存性のリン脂質結合タンパク質で、PSに対して強い親和性をもつAnnexin Vを用いて検出することができます。アポトーシスとネクローシスをより良く区別するためにGenScript社では、ネクローシスにより損傷した細胞膜のみを通過する第２の蛍光染料-Propidium Iodide (PI)を使用しています。GenScript社のAnnexin Vアッセイは非酵素的で、固定する必要なく、付着細胞と懸濁細胞に両方に適応されます。また、光学顕微鏡あるいはフローサイトメトリーでPSが検出できるようにannexin VをEGFPと融合しています。
カスパーゼ活性アッセイキット: カスパーゼは一群のシステインプロテアーゼであり、細胞のアポトーシを起こさせるまたは実行する主要分子が含まれています。カスパーゼは普段不活性状態のpro-formsまたは酵素前駆体として細胞の中に存在しています。アポトーシスを誘導することにより、これらカスパーゼの前駆体は切断され、活性化酵素になります。しかし、この方法はカスパーゼの一時発現や、カスパーゼの活性化が必ずしもアポトーシスを引き起こせるとは言えないなどの欠点があります。GenScript社は分光光度計またはマイクロタイタープレート・リーダーで解析できる、カスパーゼ2、3、6、8と9の活性を解析する一連のカスパーゼ比色分析キットを提供しています。
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