分子生物学サービス
24 hour
You are here: Home - JP » 生物学CRO »    分子生物学サービス » 遺伝子合成受託サービス » OptimumGeneTM コドン最適化
GenScript Share

OptimumGeneTM - コドン最適化



10倍以上のタンパク質発現レベル
  

GenScriptは、遺伝子合成サービスのリーディングカンパニーとして日々技術開発に取り組んでおり、サービスのアップデートを定期的に行っております。 GenScriptのOptimumGeneTMは独自の配列最適化技術です。リコンビンナトや自然界に存在する配列を改変し、最大限のタンパク質発現量が得られるように最適化します。最適化は、コドン出現頻度、mRNAの構造や転写・翻訳の際の調節領域などタンパク発現における様々なステージでのパラメータを加味して行われます。

codon optimization
  • 利点
  • 最適化パラメーター
  • トラックレコード
  • 成功例

利点

10倍以上のタンパク質発現レベル
  

難しい配列でも十分な収量が得られます: OptimumGeneTMのアルゴリズムは非常に緻密にデザインされており、リピート配列が多い配列や非常に長い配列であっても最適化が可能です。これまでのところ、30倍までの実績があります。

網羅的なコドン出現頻度テーブル:GenScriptの誇るコドン出現頻度テーブルは、様々な生物種を網羅しており、いかなるホストであっても、いつでも基礎研究や企業内の研究で使用可能です。

DNAワクチンデザイン: GenScriptは、ワクチン研究においても、スクリーニングや、ワクチン遺伝子の発現調節や抗原性に関わるパラメーターの最適化などのソリューションを提供しています。

カスタマイズ·ソリューション: 最適化の条件は、非常に困難なプロジェクトにおける特殊なご要望に応じてカスタマイズすることができます。

関連リソース

コドン解析ツールは無料でお使いいただけます。

最適化パラメーター

OptimumGeneTM では、以下のような転写、翻訳、タンパク質のフォールディングなどにおけるパラメーターを考慮し、最適化を行います。

Transcriptional Efficacy:
  • GC content
  • CpG dinucleotides content
  • Cryptic splicing sites
  • Negative CpG islands
  • SD sequence
  • TATA boxes
  • Terminal signal
    		•
    Translation Efficiency:
    • Codon usage bias
    • GC content
    • mRNA secondary structure
    • Premature PolyA sites
  • RNA instability motif (ARE)
  • Stable free energy of mRNA
  • Internal chi sites and ribosomal binding sites
    		•
    Protein Refolding:
    • Codon usage bias
    • Interaction of codon and anti-codon
  • Codon-context
  • RNA secondary structures
    		•

    Selection Volume

    OptimumGeneTM produces over 10,000 candidate sequences during round one alone. A complex sorting matrix then selects for the best sequence for each specific customized request.

    codon optimization

    GenScriptでは、コドン最適化と遺伝子合成において何年にも渡り実績を積んできました。これまでに 50,000以上の配列を最適化し、多くの製薬企業の研究者からもご愛顧いただいております。

    Customer Testimonial

    "I think GenScript provides absolutely excellent products in a timely fashion. I have primarily used genscript to order codon optimized artificial genes. Ordering artificial genes on their website or via Email makes this especially facile because I can simply inquire about a gene, get a quote and then get a PO#. The whole process is fast and the turnaround time for obtaining the finished product is usually less than a month. I also think their technical support are wonderful people, they have been most helpful in facilitating the process. I am so impressed with them that I have recommended them to several of my colleagues."

    ― Dr. Maria Schumacher, The University of Texas. M.D. Anderson Cancer Center

    Publications

    Ning Shao and Ralph Bock. A codon-optimized luciferase from Gaussia princeps facilitates the in vivo monitoring of gene expression in the model alga Chlamydomonas reinhardtii. Curr Genet. Jun 2008
    Burgess-Brown NA, Sharma S, Sobott F, Loenarz C, Oppermann U, Gileadi O. 6. Codon optimization can improve expression of human genes in Escherichia coli: A multi-gene study. Protein Expr Purif. May 2008; 59(1): 94-102
    V. Melkebeek, E. Sonck, F. Verdonck, B. M. Goddeeris, and E. Cox. Optimized FaeG Expression and a Thermolabile Enterotoxin DNA Adjuvant Enhance Priming of an Intestinal Immune Response by an FaeG DNA Vaccine in Pigs. Clinical and Vaccine Immunology. Jan 2007; 14(1): 28-35

    成功例

    Minimum 10-fold increase in protein expression level in E.coli

    Figures below manifested the effectiveness of the OptimumGeneTM technology in increasing protein expression levels for two different genes expressed in E.coli.

     

    Fig. A. GenScript's OptimumGeneTM codon optimization delivered 10 times higher expression level for protein α compared to non-optimized native gene sequence. The expression level was 3 times more than that from Competitor GA's optimization method.
     

    Fig. B. GenScript's OptimumGeneTM codon optimization delivered 20 times higher expression level for protein β compared to non-optimized native gene sequence. The expression level was 13 times more than that from Competitor GA's optimization method.
    注: OptimumGeneTM コドン最適化及び遺伝子合成サービスご提供の際、お客様側から提出した遺伝子配列或いは他のマテリアルなどに関する知的財産権または技術的プロトコルの所有権はすべてお客様にあります。GenScriptはお客様の同意なくして、第三者にその情報を公開しません。機密情報はプロジェクトを進めるための関係者に対してのみ開示します。最適化配列及び合成遺伝子にかかわるお客様の知的財産権を保障するためにGenScriptは、必要に応じて秘密保持契約（non-disclosure or confidentiality agreement）を締結します。