| Mixed DNA Bases | Insert Code |
|---|---|
| dA+dG+dC+dT | (N) |
| dT+dC+dG | (B) |
| dA+dT+dG | (D) |
| dA+dT+dC | (H) |
| dA+dC+dG | (V) |
| dA+dC | (M) |
| dA+dG | (R) |
| dA+dT | (W) |
| dC+dG | (S) |
| dC+dT | (Y) |
| dT+dG | (K) |
| Mixed DNA Bases | Insert Code |
|---|---|
| X1%dA+X2%dC+X3%dG+X4%dT | (X1%AX2%CX3%GX4%T) |
| e.g. 30%dA+30%dC+20%dG+20%dT | (30%A30%C20%G20%T) |
| Classification | Modification | 5' Mod Code | Internal Mod Code | 3' Mod Code |
|---|---|---|---|---|
|
Fluorescent labeling
|
CY3 | // | // | // |
| CY5 | // | // | // | |
| FAM | // | // | // | |
| HEX | // | // | // | |
| 6JOE | // | // | // | |
| ROX | // | // | // | |
| TAMRA | // | // | // | |
| TET | // | // | // | |
|
Quenchers
|
DABCYL | - | - | // |
| BHQ 1 | - | - | // | |
| BHQ 2 | - | - | // | |
| ECLIPSE | - | - | // | |
|
Non-Fluorescent conjugates
|
Biotin | // | // | // |
| Biotin TEG | // | // | // | |
| Dual Biotin | // | // | - | |
| Biotin dT | // | // | - | |
| PC Biotin | // | // | - | |
| Digoxin | // | // | // | |
|
Terminal Phosphorylation
|
Phosphorylation | // | N/A | // |
|
Linkers
|
Amino Linker C3 | // | // | // |
| Amino Linker C6 | // | // | // | |
| Amino Linker C7 | // | // | // | |
| Amino Linker C12 | // | // | // | |
| Amino Linker C6 dT | // | // | // | |
| Disulfide Linker C3 | // | // | // | |
| Disulfide Linker C6 | // | // | // | |
|
Spacers
|
Spacer C3 | // | // | // |
| Spacer C6 | // | // | // | |
| Spacer 9 | // | // | // | |
| Spacer 18 | // | // | // | |
| dSpacer | // | // | // | |
|
Modified bases
|
DeoxyInosine | // | // | // |
| DeoxyUridine | // | // | // | |
| 2'-Fluoro A | // | // | // | |
| 2'-Fluoro C | // | // | // | |
| 2'-Fluoro G | // | // | // | |
| 2'-Fluoro U | // | // | // | |
|
Electrochemicals
|
Ferrocene | // | // | // |
