Proteínas nativas fabrican antígenos excelentes y se han utilizados tradicionalmente para aumentar anticuerpos para propósitos diferentes. Sin embargo, algunas proteínas no son fáciles de aislar en cantidades suficientes para caracterización. Sólo una pequeña fracción de estas proteínas útiles en potencial han sido aislada y caracterizada. Este hace que la mayoría de proteínas nativas impráctico como una manera de generar anticuerpos. La alternativa más lógica es generar anticuerpos con péptidos derivados de secuencias de proteína nativa. En algunos casos, los anticuerpos por ese péptidos son aún más efectivos que anticuerpos por proteínas nativas.

1. Producción de antígeno peptídico requiere sólo la secuencia del aminoácido.

Este es especialmente útil en determinadas condiciones:

• La proteína no se ha descubierto, pero la secuencia del gen se ha descubierto ya.
• La proteína se ha descubierto pero no ha sido secuenciado totalmente.
• La proteína no está disponible en cantidades suficientes.
• La proteína no se puede expresar con éxito usando técnicas recombinantes.

2. Anticuerpos Peptídicos demuestran especificidad mejorada.

Este ofrece los beneficios siguientes:

• Se elimina o se minimiza reactividad cruzada potencial entre las proteínas homólogas en estructura.
• Podría producir anticuerpos dirigidos por epitope.
• Podría producir anticuerpos para proteínas con modificaciones postraduccionales.

3. La purificación de afinidad de Péptidos es conveniente y costo-efectiva.

Este ofrece los beneficios siguientes:

• Permitir la purificación de inmunoafinidad muy eficiente, económica relativamente.
• Podría producir puros y monoespecíficos anticuerpos dirigidos por epitope por adsorción cruzada con péptidos similares.